由于近年来，新疆阿尔金山保护区内的降水充沛、植被恢复良好、水草丰茂，也致使各类野生动物分布显现相对集中，表现出密度大、种群大、数量多的态势。据估算藏羚、野牦牛、藏野驴三大有蹄类动物数量应该有10万头只左右，加之藏原羚、岩羊等物种分布广，密度和数量大，其它有蹄类动物也有不同程度的数量增长，保护区的有蹄类动物数量应在15万头只以上，鸟类数量在10万只以上。